日本バプテスト連盟医療団は、1954年に米国南部バプテスト連盟に連なる諸教会の献金によって創立されました。
その翌年に日本バプテスト病院を開設、その後看護専門学校や老人保健施設、眼科クリニックなどを併設し、総合的医療施設群として地域医療の発展に貢献してまいりました。
当財団の中心的な施設である総合病院では、1995年に京都初の認可施設としてホスピス病棟とNICU（新生児特定集中治療室）を開設。以来、終末期における全人医療の実践とともに、NICU機能を活かした周産期母子医療に力を入れています。
そして2006年には念願の新病院（第1期工事）が完成し、MRI検査室をはじめとした最先端の設備器機も完備。2010年には病院西館（第2期工事）が完成し、患者さんによりいっそう快適で安心・安全な医療環境を提供できるよう取り組んでまいりました。
一般財団法人 日本バプテスト連盟医療団
| 1954年（昭和29年） | 1月 3月 |
日本バプテスト診療所開設 財団法人日本バプテスト連盟医療団設立認可 |
|---|---|---|
| 1955年（昭和30年） | 7月 12月 |
日本バプテスト病院開設（認可病床数78床） 社会保険診療開始 |
| 1966年（昭和41年） | 4月 | 日本バプテスト看護学院（現・看護専門学校）開校 |
| 1971年（昭和46年） | 12月 | 155床の認可を受ける |
| 1995年（平成7年） | 9月 8月 12月 |
ホスピス病棟開設 NICU（新生児特定集中治療室）開設 救急告示病院認可 バプテスト訪問看護ステーション開設 |
| 1996年（平成8年） | 12月 | 労災指定病院認可 |
| 1998年（平成10年） | 7月 | ホスピス増床・167床の認可を受ける |
| 1999年（平成11年） | 4月 5月 |
バプテスト老人保健施設開設 バプテスト眼科クリニック開設 |
| 2000年（平成12年） | 4月 | バプテスト老人保健施設併設事務所として「バプテスト老人保健施設居宅介護支援事業所」開設 |
| 2003年（平成15年） | 2月 | （財）日本医療機能評価機構による 病院機能評価認定（一般A）病院となる |
| 2005年（平成17年） | 1月 | 病院新館建設許可 |
| 2006年（平成18年） | 4月 | 病院新館完成（第1期工事完了） |
| 2008年（平成20年） | 2月 | （財）日本医療機能評価機構による 病院機能評価（審査体制区分2）Ver.5.0更新 |
| 2009年（平成21年） | 11月 | バプテスト在宅ホスピス緩和ケアクリニック開設 病院西館完成（第2期工事完了） |
| 2012年（平成24年） | 4月 | 一般財団法人への移行認可 |
| 2012年（平成24年） | 4月 | 「バプテスト老人保健施設居宅介護支援事業所」を「バプテスト居宅介護支援事業所」に名称変更 |
| 2013年（平成25年） | 2月 | （財）日本医療機能評価機構による病院機能評価（審査体制区分2）Ver.6.0更新 |
| 2013年（平成25年） | 5月 | 「バプテスト居宅介護支援事業所」移転 |
| 2013年（平成25年） | 10月 | 「バプテスト訪問看護ステーション」を、「バプテスト緩和ケア訪問看護ステーション」として改組 |
| 2015年（平成27年） | 1月 | 「バプテスト緩和ケア居宅介護支援事業所」開設 |
| 2015年（平成27年） | 3月 | 「バプテスト訪問看護ステーション しおん」開設 |
| 2015年（平成27年） | 4月 | 「バプテスト眼科クリニック」を「バプテスト眼科山崎クリニック」として医療団から分離 |
| 2015年（平成27年） | 10月 | 「バプテスト緩和ケア居宅介護支援事業所」廃止 |
| 2016年（平成28年） | 2月 | 「バプテスト緩和ケア訪問看護ステーション」廃止 |
| 2016年（平成28年） | 3月 | 「バプテスト訪問看護ステーションしおん」を北白川別当町へ移転、「バプテスト在宅ホスピス緩和ケアクリニック」閉所 |
| 2016年（平成28年） | 4月 | 「バプテスト在宅ホスピス緩和ケアクリニック」を「渡辺緩和ケア在宅クリニック」として医療団から分離 |
| 2017年（平成29年） | 3月 | 脳神経外科 標榜取り下げ |
| 2017年（平成29年） | 3月 | 事業所内「みぎわ児童園」開園 |
| 2018年（平成30年） | 3月 | 日本医療機能評価機構認定4回目（一般病院2）病院となる |
| 2019年（平成31年） | 3月 | 「日本バプテスト看護専門学校」閉校 |
| 2019年（平成31年） | 4月 | 脳神経外科 標榜再開 |
| 2019年（令和元年） | 5月 | 「バプテスト訪問看護ステーションしおん」を旧看護専門学校へ移転 |
| 2019年（令和元年） | 12月 | 「バプテスト居宅介護支援事業所」を旧看護専門学校へ移転 |
| 2021年（令和3年） | 12月 | 「京都いきいき働く医療機関」の基本認定を受ける |
| 2023年（令和5年） | 3月 | 日本医療機能評価機構認定5回目（一般病院2）病院となる |